Introdução à Bioinformática e à Filogenômica

Disciplina Opcional

Dados da disciplina

Carga horária: 15 horas

Período: 19/09/2016 a 28/09/2016

Horário: 14:30 às 18:30 - segundas e quartas

Vagas: 20

Descrição

Histórico da bioinformática. Ciências genômicas. O computador: sistemas operacionais, hardware e software. Algoritmos. Alinhamento de sequências. Genomas, transcriptomas e proteomas. Bancos de dados em bioinformática. Análise genômica, análise transcriptômica. Anotação de genomas. Bioinformática e o estudo da evolução de genes e organismos. Bioinformática estrutural. Pensamentos filosóficos sobre a bioinformática.

Requisitos

Nenhum.

Estrutura do Curso

Aulas Teóricas.

Forma de Avaliação

Apresentação de seminário.

Objetivo Geral

A área de bioinformática tem crescido excessivamente nos últimos anos. Devido ao grande aumento da disponibilidade de dados em todas as áreas da biologia experimental e teórica pesquisas recentes apontam que todo biólogo será em menor ou maior grau um bioinformata ao longo do século XXI. A apresentação ao aluno dos métodos, técnicas e teoria básica da bioinformática será, portanto, de grande valia ao seu desenvolvimento enquanto profissional.

Objetivos Específicos

1. Entender a forma como a ciência da computação tem ajudado na exploração de dados biológicos.

2. Conhecer a história da genômica e da bioinformática.

3. Conhecer e compreender teorias algorítmicas para análise de dados.

4. Compreender os serviços bioinformáticos mais utilizados.

5. Conhecer os principais eventos da análise de sequências e suas potencialidades.

Conteúdo Programático

1. Histórico da bioinformática.

2. Hardware e software.

3. Sistemas operacionais e a lógica open-source.

4. Alinhamento de sequências.

5. O NCBI e os bancos de dados disponíveis para a análise biológica no século XXI.

6. Análise de genomas e transcriptomas.

7. Montagem de genomas e transcriptomas.

8. Anotação de sequências.

9. Bioinformática evolutiva.

10. Crítica à análise computacional de dados biológicos.

Cronograma das Aulas

Aula 1 (19/09): Introdução à bioinformática, algoritmos, sistemas operacionais, genômica e transcriptômica.

Aula 2 (21/09): Alinhamentos, montagem e anotação de genomas completos e de organelas.

Aula 3 (26/09): Filogenômica e genômica comparativa de organelas e genomas completos.

Aula 4 (28/09): Apresentação de artigos pelos alunos.

Bibliografia Básica

1. Prosdocimi et al. Bioinformática: Manual do Usuário. Um guia amplo e básico sobre diversos aspectos desta nova ciência. Revista Biotecnologia 29.

2. Prosdocimi e Santos. Sobre bioinformática, genoma e ciência. Ciência Hoje.

3. Malone ET al. 2006. PROSPECÇÃO DE GENES EM BIBLIOTECAS DE cDNA. R. Bras. Agrociência, Pelotas, v. 12, n. 1, p. 07-13, jan-mar, 2  - http://www.ufpel.tche.br/faem/agrociencia/v12n1/artigo02.pdf.

4. Binneck E. As ômicas: integrando a bioinformação. Revista Biotecnologia 32.

5. Prosdocimi, F. Curso de bioinformática.

Bibliografia Complementar

1. Introdução à Bioinformática – Arthur M. Lesk. Editora ARTMED.

2. Just the Facts: A Basic Introduction to the Science Underlying NCBI Resources.

3. The NCBI handbook.

4. GIBAS, C., JAMBECK, P. Desenvolvendo Bioinformática: ferramentas de softwares para aplicações em biologia. Rio de Janeiro: Campus. 2001.

5. LANCHARRO, E. A. Informática Básica. São Paulo: Pearson Makron Books, 2004.

6. BOHM, G. M. Informática médica: um guia prático. Rio de Janeiro: Atheneu, 1989.

7. Stein L. Genome annotation: from sequence to biology. Nat Rev Genet. 2001 Jul;2(7):493-503. Review. PubMed PMID: 11433356.

8. Stein LD. X Window System survival guide. Curr Protoc Bioinformatics. 2007 Mar;Appendix 1:Appendix 1D. Review. PubMed PMID: 18428776.

9. Stein LD. Unix survival guide. Curr Protoc Bioinformatics. 2007 Jan;Appendix 1:Appendix 1C. Review. PubMed PMID: 18428775.

10. Stein L. Large scale sequencing. Curr Protoc Bioinformatics. 2003 Aug;Chapter 11:Unit11.1. Review. PubMed PMID: 18428694.

11. Stein LD. Integrating biological databases. Nat Rev Genet. 2003 May;4(5):337-45. Review. PubMed PMID: 12728276.

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