Introdução à Bioinformática Genômica

Disciplina Opcional

Dados da disciplina

Carga horária: 30 horas

Período: 06/10 a 10/10

Horário: 10:00 às 12:00 e 14:00 às 18:00

Vagas: 20

Pré-requisitos:

Trazer um computador portátil.

Descrição

Histórico da bioinformática. Ciências genômicas. O computador: sistemas operacionais, hardware e software. Algoritmos. Alinhamento de sequências. Genomas, transcriptomas e proteomas. Bancos de dados em bioinformática. Análise genômica, análise transcriptômica. Anotação de genomas. Bioinformática e o estudo da evolução de genes e organismos. Bioinformática estrutural. Pensamentos filosóficos sobre a bioinformática.

Objetivo Geral

A área de bioinformática tem crescido excessivamente nos últimos anos. Devido ao grande aumento da disponibilidade de dados em todas as áreas da biologia experimental e teórica pesquisas recentes apontam que todo biólogo será em menor ou maior grau um bioinformata ao longo do século XXI. A apresentação ao aluno dos métodos, técnicas e teoria básica da bioinformática será, portanto, de grande valia ao seu desenvolvimento enquanto profissional.

Objetivos Específicos

Entender a forma como a ciência da computação tem ajudado na exploração de dados biológicos; Conhecer a história da genômica e da bioinformática; Conhecer e compreender teorias algorítmicas para análise de dados; Compreender os serviços bioinformáticos mais utilizados; Conhecer os principais eventos da análise de sequências e suas potencialidades.

Conteúdo Programático

Histórico da bioinformática; Hardware e software; Sistemas operacionais e a lógica open-source; Alinhamento de sequências; O NCBI e os bancos de dados disponíveis para a análise biológica no século XXI; Análise de genomas e transcriptomas; Montagem de genomas e transcriptomas; Anotação de sequências; Bioinformática evolutiva; Bioinformática estrutural; Crítica à análise computacional de dados biológicos.

Forma de Avaliação

Relatórios de aulas práticas e apresentação de trabalho.

Bibliografia Básica

Prosdocimi et al. Bioinformática: Manual do Usuário. Um guia amplo e básico sobre diversos aspectos desta nova ciência. Revista Biotecnologia 29.

Prosdocimi e Santos. Sobre bioinformática, genoma e ciência. Ciência Hoje.

Malone ET al. 2006. PROSPECÇÃO DE GENES EM BIBLIOTECAS DE cDNA. R. Bras. Agrociência, Pelotas, v. 12, n. 1, p. 07-13, jan-mar, 2 (http://www.ufpel.tche.br/faem/agrociencia/v12n1/artigo02.pdf).

Binneck E. As ômicas: integrando a bioinformação. Revista Biotecnologia 32.

Prosdocimi, F. Curso de bioinformática.

Bibliografia Complementar

[1] Introdução À Bioinformática – Arthur M. Lesk. Editora ARTMED.

[2] Just the Facts: A Basic Introduction to the Science Underlying NCBI Resources.

[3] The NCBI handbook.

[4] GIBAS, C., JAMBECK, P. Desenvolvendo Bioinformática: ferramentas de softwares para aplicações em biologia. Rio de Janeiro: Campus. 2001.

[5] LANCHARRO, E. A. Informática Básica. São Paulo: Pearson Makron Books, 2004.

[6] BOHM, G. M. Informática médica: um guia prático. Rio de Janeiro: Atheneu, 1989.

[7] Stein L. Genome annotation: from sequence to biology. Nat Rev Genet. 2001 Jul;2(7):493-503. Review. PubMed PMID: 11433356.

[8] Stein LD. X Window System survival guide. Curr Protoc Bioinformatics. 2007 Mar;Appendix 1:Appendix 1D. Review. PubMed PMID: 18428776.

[9] Stein LD. Unix survival guide. Curr Protoc Bioinformatics. 2007 Jan;Appendix 1:Appendix 1C. Review. PubMed PMID: 18428775.

[10] Stein L. Large scale sequencing. Curr Protoc Bioinformatics. 2003 Aug;Chapter 11:Unit11.1. Review. PubMed PMID: 18428694.

[11] Stein LD. Integrating biological databases. Nat Rev Genet. 2003 May;4(5):337-45. Review. PubMed PMID: 12728276.

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