O Instituto de Bioquímica Médica, ao qual encontra-se vinculado o Programa de Pós Graduação em Química Biológica, é dividido em cinco programas. A seguir listamos os principais aspectos das linhas de pesquisa desenvolvida pelos mesmos:

Programa de Bioquímica e Biologia Celular

O grupo caracteriza-se pela aplicação da bioquímica fundamental e da biofísica em diversos modelos para estudos de imunologia celular, da fisiologia muscular, disfunções mitocôndriais na sepse, mecanismos bioenergéticos associados ao controle de peso corporal em mamíferos, mecanismos de geração de espécies reativas de oxigênio mitocondrial em condições de estresse hiperglicêmico, doenças neurodegenerativas como a de Alzheimer, além dos processos de coagulação no câncer.

Programa de Biologia Estrutural

O Programa de Biologia Estrutural tem como foco o estudo da estrutura, dinâmica e o enovelamento de diversas macromoléculas envolvidas em patologias humanas. Os docentes do programa têm expertise em várias áreas complementares, utilizando principalmente métodos espectroscópicos, de biologia estrutural, proteômica, microscópicos, calorimétricos dentre outros. Este grupo apresenta competência para elucidação de estruturas tridimensionais de carboidratos complexos, peptídeos biologicamente ativos e proteínas em solução por ressonância magnética nuclear, bem como no estudo da interação proteína-proteína, proteína- ácido nucléico, proteína-ligante, vírus-célula, e no estudo estrutural de partículas virais, no estudo de enzimas funcionais. A maioria dos membros deste programa participa do Instituto do Milênio de Biologia Estrutural em Biomedicina e Biotecnologia (IMBEBB). O IMBEBB é uma iniciativa do Programa (coordenado pelo Dr. Jerson L Silva) com característica multidisciplinar que reúne vários grupos de pesquisa que desenvolvem projetos na área da Biologia Estrutural aplicada à Biotecnologia e Biomedicina e que somam esforços para dar um salto qualitativo nesta área. O IMBEBB envolve 23 sub-grupos de pesquisa de 12 Universidades e Institutos de Pesquisa distribuídos em várias regiões do país. Os pesquisadores Andrea T. Dapoian, Débora Foguel, Fabio C. L. Almeida e Hector Barrabin, participantes do programa, são coordenadores de projetos contemplados com recursos do Pensa-Rio da FAPERJ.

Programa de Biologia Molecular e Biotecnologia

O grupo utiliza técnicas de biologia molecular e celular em diversos modelos tais como a investigação do papel do sistema ubiquitina-proteassomo em leveduras, o estudo do papel biológico da heme oxigenase no contexto da biologia vascular, as disfunções mitocondriais na sepse, as alterações metabólicas no transtorno bipolar, o estudo da relação planta-hospedeiro, a biodiversidade da mata atlântica e o estudo molecular de vetores e parasitos, centrado no entendimento de processos bioquímicos e moleculares desta relação, incluindo o papel da transdução de sinais na infecção por tripanossomatídeos, Plasmodium, e diferentes vírus, o metabolismo de lipídios, os mecanismos antioxidantes e a ovogênese de vetores como o barbeiro Rhodnius prolixus e o carrapato Boophilus microplus, a investigação do metabolismo de heme e de receptores nucleares no verme causador da esquistossomose, e o estudo da relação do vírus da dengue com seus hospedeiros mosquito e humano. Uma parte importante dos membros deste programa participa de forma destacada de redes interinstitucionais de pesquisa como: (1) O programa de sequenciamento da bactéria fixadora de nitrogênio, Gluconacetocater diazotrophicus, recentemente concluido; (2) da Rede Proteômica do Rio de Janeiro (http://www.bioinfo.ufrj.br/proteoma) e (3) do projeto de sequenciamento do genoma do vetor da doença de Chagas, sendo desenvolvido por um consórcio internacional de pesquiadores (o sequenciamento esta avançado e deve ser concluído no final de 2008; www.genome.gov/Pages/Research/Sequencing/SeqProposals/RevisedRhodniusSeq.pdf).

Programa de Glicobiologia

Este programa está equipado para a análise estrutural de polissacarídeos sulfatados para a determinação da atividade anti-coagulante, anti-trombótica e anti-inflamatória de compostos obtidos de diferentes espécies de invertebrados e plantas. Os membros deste grupo participam de projeto temático da FAPERJ voltado para o desenvolvimento de novas drogas anti-trombóticas e anti-virais e do projeto da Rede de Diagnóstico do SUS-FAPERJ.

Recentemente, o Laboratório de Tecido Conjuntivo do IBqM, conseguiu em parceria com setores clínicos do HU, a doação de um espaço de 10 m2 para abrigar um aparelho de cromatografia a gás acoplado com um espectrômetro de massa. Este aparelho será utilizado, para a realização de projetos de pesquisa de colaboração entre o básico e o clínico.

Programa de Educação, Difusão e Gestão em Biociências (PEGeD)

Um das características diferenciais do PEGeD está na composição do seu quadro docente, que abriga pesquisadores especificamente das áreas de educação, gestão e difusão da ciência, mas também pesquisadores dos outros quatro programas que se interessam por essas áreas. Esta característica é responsável pela efetiva integração entre a ciência e a educação ao aproximar os pesquisadores das áreas Sociais e Humanas com os das Biológicas, gerando uma linguagem comum. Essa linguagem comum tem facilitado ações não só na produção de novos conhecimentos, mas também nas ações de educação e divulgação científica. O programa desenvolve estudos nas áreas de formação de professores, práxis pedagógica, cognição e mudança conceitual, novas tecnologias educacionais, educação a distância, educação não formal, sistemas de avaliação escolar, políticas educacionais, questões de gênero, avaliação e gestão científica, divulgação científica e interação ciência e arte. Os membros deste programa também participam de diversos projetos de intervenção no sistema educacional através de cursos e atividades e divulgação científica para estudantes e professores da educação básica das redes pública e privada, em âmbito nacional. Um indicador recente da consolidação do programa é o número de projetos de pesquisa e extensão em vigência ou aprovados no ano de 2007, a saber: FAPERJ/Primeiros Projetos (2 projetos independentes coordenados pelas profas. Denise Lannes e Jacqueline Leta); CNPq/Universal (1 projeto com a profa. Jacqueline Leta); Capes/Observatório da Educação (1 projeto coordenado pela profa. Andrea Da Poian, com a participação dos profs.(as) Débora Foguel, Denise Lannes, Leopoldo de Meis e Russolina Zingali); Finep/Ciência de Todos (1 projeto coordenado pelo prof. Leopoldo de Meis ? com a participação da profa. Denise Lannes); CNPq/Apoio a Projetos de Difusão e Popularização da Ciência e Tecnologia(1 projeto com oprof. Hatisaburo Masuda); FAPERJ/Apoio a Melhoria do Ensino Público (3 projetos coordenados pelos profs. Andréa da Poian, Denise Lannes, Leopoldo de Meis) e FAPERJ/Difusão e Popularização da Ciência (7 projetos independentes coordenados pelos profs(as) Débora Foguel, Denise Lannes, Jacqueline, Mario Alberto C. Silva-Neto, Maria Lucia Bianconi, Vivian Rumjanek e Hatisaburo Masuda).

Programa de Oncobiologia

As atividades científicas exibem um caráter essencialmente interinstitucional, agregam em seu conjunto projetos que abrangem quase todas as áreas da pesquisa em câncer e desenvolvimento.