29 de janeiro de 2017

O dilema da fita pesada da mitocôndria

Divulgando nossa publicação que saiu do forno ontem!! =D

The heavy strand dilemma of vertebrate mitochondria on genome sequencing age: number of encoded genes or G + T content?
http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/24701394.2016.1275603?journalCode=imdn21

 

Oi gente,

Vcs sabem que nosso laboratório estuda os genomas das mitocôndrias de diversos animais, não é?

A mitocôndria é uma organela celular que tem seu próprio DNA em fita dupla. O DNA da mitocôndria é bem conhecido e tem cerca de 16.000 letrinhas ACGT que codificam 13 genes, que estão principalmente envolvidos na via de fosforilação oxidativa, que produz o ATP celular.

Dentre esses 13 genes, em vertebrados, 12 deles estão em uma das duas fitas do DNA… e 1 apenas está na outra fita (a subunidade 6 da enzima multimérica NADH Desidrogenase).

As fitas do DNA são chamadas normalmente de H ou L, vindo de Heavy (pesada) ou Light (leve). Classicamente, a divisão entre H e L era feita pesando o tamanho das cadeias (através de centrifugação em cloreto de césio) e vendo qual era mais pesada.

A mitocondria humana apresenta 12 genes na fita L, assim como as mitocondrias de praticamente todos os vertebrados, com pouquíssimas exceções. Só que os trabalhos que descreviam (e que continuam descrevendo) as mitocondrias de vários vertebrados muitas vezes dizem que os genes estão na fita H, e não na L — o que seria o correto.

O quase-doutor Nicholas Lima percebeu esse problema na literatura e reportou essas ideias no trabalho que descrevia o genoma mitocondrial do papagaio (submetido). Ao pesquisarmos juntos essa questão, percebemos que o buraco ia muito mais embaixo e que alguns trabalhos clássicos de mitocondrias animais, como a mitocondria da galinha, titubeavam na definição de fita H ou L e forneciam informações contraditórias que foram seguidas ou repetidas por inúmeras publicações subsequentes.

Outra observação importante foi a de que a fita é pesada devido à quantidade de G+T que elas apresentam. E a fita que contém mais genes tem uma menor porcentagem de G+T.

Felizmente esse problema parece ser puramente conceitual e não influencia as análises de dados realizadas.

A descrição precisa do problema foi apresentada nesse trabalho publicado ontem na revista Mitochondrial DNA. Baixe o artigo no site do Research Gate.
https://www.researchgate.net/publication/313011547_The_heavy_strand_dilemma_of_vertebrate_mitochondria_on_genome_sequencing_age_number_of_encoded_genes_or_G_T_content

 

 

heavyStrand2

 

Aviso

Todo o conteúdo publicado no texto acima é de responsabilidade do seu autor.

Sobre o autor Francisco Prosdocimi

Francisco Prosdocimi Biólogo, Mestre em Genética, Doutor em Bioinformática. Trabalha com montagem e anotação de genomas animais, genômica e transcriptômica comparativa, filogenômica e genética de ...